Les habitants de la mystérieuse et ancestrale cité engloutie de Mu, disparue voilà 12.000 années, ont décidé d'investir désormais la surface de la Terre. Ils font enlever la fille du professeur Shinguji qui avait construit à la fin de la Seconde Guerre Mondiale, un sous-marin capable d'atteindre les fantastiques profondeurs de leur monde. Un terrible combat pour sauver la race humaine commence à la surface du globe quand les habitants de Mu lancent une fulgurante attaque, mais aussi sous les eaux, où un gigantesque serpent de mer protège l'entrée de leur royaume...
