Le lieutenant-colonel Owen Thursday arrive de l'Est pour assurer le commandement de Fort Apache, situé dans le vaste désert de l'Arizona. Son inflexible rigidité et son sens très strict de la discipline, autant dans le domaine militaire que privé et familial, lui valent rapidement l'inimitié de ses hommes. Lorsque Cochise, chef de la tribu apache, quitte sa réserve avec les siens, Thursday décide de stopper sa progression vers le Mexique. L'attaque qu'il dirige tourne bientôt au massacre.