Lorsque "Pepperland", le pays du bonheur, de la jeunesse et de la musique est envahi par les méchants "Meanies", le vieux chef d'orchestre Fred parvient à s'enfuir au bord d'un sous-marin, débarque à Liverpool, et emmène le fameux groupe musical des Beatles pour défendre son pays occupé. Commence une longue traversee semée de moult embûches où l'aventure les attend à chaque vague, ainsi que la rencontre d'une flopée de personnages historiques. Enfin, ils arrivent à "Pepperland".