L'ingénieur Walter Fahr a construit un gigantesque sous-marin de croisière avec lequel il entreprend, en compagnie d'illustres invités, quelques animaux et le professeur Keigo, frappé de cécité, un voyage inaugural d'essai. Tout d'abord, du fait d'un incident technique, la remontée à la surface est retardée, pour découvrir, une fois à flots, un bateau dont l'ensemble de l'équipage est mort. L'astronome Sotuma finit par découvrir une sombre vérité : lors de leur immersion, la queue d'une comète à frôler la Terre et détruit toute vie sur notre planète .....